Dado que ahora el proyecto API tiene dos contextos, hay que especificar el contexto con el que se van a crear y lanzar las migraciones:
Add-Migration GenerateTables -context CleanArchitectureIdentityDbContext
Update-Database -context CleanArchitectureIdentityDbContext
Seria lo mismo para el proyecto de Infrastructure, habria que usar
Add-Migration GenerateTables -context StreamerDbContextSeed
Update-Database -context StreamerDbContextSeed
Habia un bug en la inyeccion de dependencias de infrastructure, se estaba intentado hacer un servicio usando interfaz + interfaz en vez de intefaz + clase...